مرکز پژوهش‌های مجلس به بررسی اصلی‌ترین عامل ناترازی این سازمان در سال ۱۴۰۲ پرداخته است.

طبق تحقیقات این مرکز، سازمان هدفمندی به منظور جبران این کسری بعضا به تعدادی از تعهدات خود مانند یارانه دارو عمل نکرده یا با استقراض از منابع دیگر به طور مستقیم یا غیرمستقیم به افزایش قیمت‌ها دامن زده است.